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基礎生物学研究所ゲノムインフォマティクストレーニングコース (GITC)

BLAST自由自在〜配列解析の極意をマスターする〜

【場所】
自然科学研究機構基礎生物学研究所 (愛知県岡崎市) 

【オーガナイザー・講師】
重信秀治(基礎生物学研究所・特任准教授),内山郁夫(基礎生物学研究所・助教)

【コース概要】
基礎生物学研究所では生物情報学を専門としない生命科学研究者を対象に,インフォマティクスの基礎的技術と考え方の習得を目指したゲノムインフォマティクストレーニングコース (GITC) を定期的に開催しています.今回,中級者向けに,配列解析ツール 「BLAST」 を使いこなすためのコースを開催します.BLASTは,DNAやタンパク質の配列をアライメントに基づいて比較し,データベース (DB) 検索を高速に行うソフトウェアで,生物情報学の世界で最も広く使われているプログラムの1つです.従来,実験生物学者がBLAST解析を行うには,WEBブラウザ上のGUIで行うことが一般的でした.しかし,シーケンシング技術の進歩により数千~数万個の遺伝子を対象とする大規模解析が行われるようになり,ローカル環境で自らDBを構築し,システマティックに配列解析を行う技術が望まれています.本コースでは,大規模な配列解析においてBLASTを使いこなすノウハウの習得を目指します.この目的で,普段は気に留めないであろうBLASTの内部 (アルゴリズムなど) も解説します.さらに,BLASTを使ったゲノム解析の応用例について,スクリプトを書きながら実習します.講義とコンピュータを用いた演習を組み合わせて行います. 

【日程と実習内容】
2017年9月14日(木)15日 (金)BLAST基礎,コマンドラインによるローカルBLAST検索,BLAST inside-配列検索の理論的背景,大規模なBLAST検索,遺伝子のアノテーション・オーソログ解析,BLASTを越えて 
【受講料】
無料 (懇親会費4,000円程度を別途集金予定) 
【申込方法】
コースHPをご覧ください.申込締切:7月23日 (日) 
【募集人数】
16名
  • 実験医学2017年7月号
  • 掲載