リソソームに局在するプロテアーゼ.20種類以上あり,活性中心のアミノ酸残基の違いから,システインプロテアーゼ(カテプシンB,Lなど),アスパラギン酸プロテアーゼ(カテプシンDなど),セリンプロテアーゼに分類される.