実験医学別冊:DNAチップ実験まるわかり
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実験医学別冊

DNAチップ実験まるわかり

  • 佐々木博己,青柳一彦/編
  • 2004年11月19日発行
  • B5判
  • 144ページ
  • ISBN 978-4-89706-888-6
  • 定価:3,300円+税
  • 在庫:あり
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DNAチップの低価格化が進み精度もサービスも格段に上がった今だからこそ,本書を使ってDNAチップをフル活用! 市販チップの比較,確実なサンプル調製法,データの確認実験と解析法からさまざまな応用例まで網羅した,DNAチップ完全活用マニュアル!

目次
(佐々木博己)

「DNAチップQ&A」による各章へのナビゲーション (本書の構成)(佐々木博己)


1章 読んで得する DNAチップガイド(佐々木博己,青柳一彦)
DNAチップの基礎知識
●DNAチップとは何か ●DNAチップで何がわかるか ●DNAチップの作製 ●解析に必要なもの
購入or受託どちらがいい?
●解析費用からの判定 ●多検体解析の受託のメリット
研究目的とチップの選択 (チップを選ぶ際の条件)
●スポット数 ●プローブの種類 ●感度 ●再現性 ●価格 ●枚数 ●普及状況



2章 発現解析型DNAチップ−市販のゲノムワイドなDNAチップを活用するための基礎知識(青柳一彦)
RNAサンプルの調整
●原理 ●高品質のRNAを使用する ●微量,希少なRNAサンプルは増幅して使用する【プロトコール:TALPAT】●DNAチップに合わせて標識する【プロトコール:一本鎖cDNA合成時に直接蛍光を取り込ませる(直接法)】【プロトコール:cRNA合成によりアミノアリル-UTPを取り込ませる(間接法)】【プロトコール:cRNA合成時にビオチンを取り込ませる(間接法)】●実験例
Chip解析と各種DNAチップの解説
●各種DNAチップ
二色法:タカラバイオ(IntelliGeneR:cDNAチップ)【プロトコール】,DNAチップ研究所(AceGeneR:オリゴチップ)【プロトコール】,Agilent Technologies
一色法:Affymetrix(GeneChipR)【プロトコール】,アマシャムバイオサイエンス(CodeLink),アプライドバイオシステムズ(Applied Biosystems 1700 Chemiluminescent Microarray Analyzer),クロンテック(DB Atlas Array),GeneFrontier(なんでもアレイ)
その他:Invitrogen(HiLightシステム)
●受託解析サービス
Affymetrix(GeneChipR),アマシャムバイオサイエンス(CodeLinkR), Agilent Technologies,クロンテック,DNAチップ研究所(AceGeneR),タカラバイオ(IntelliGeneR),GeneFrontier(なんでもアレイ)
●総括コメント
トラブルとその対処方法



3章 コピーナンバー定量アレイ(CGH)(佐々木博己,河野隆志,佐藤将光)
原理
準備するもの
●DNA ●DNAチップ
プロトコール
プロトコール:全ゲノムDNAをプローブとしたBACアレイを用いたCGH解析,プロトコール:ROMA法によるオリゴヌクレオチドDNAチップを用いたアレイCGH解析
CGH適用マイクロアレイの紹介
●全ゲノムDNAラベル法によるCGH用マイクロアレイ ●特定の制限酵素DNA断片(Genome RepresentationしたDNA)のラベルによるCGH用マイクロアレイ(ROMA法)



4章 メチレーションチップ−プロモーターのメチル化による遺伝子の不活性化を検出するチップ(松原長秀,木村直紀)
サンプル調製編
●原理  ●プロトコール:サンプル調製プロトコール ●トラブルとその対処方法 ●実験のコツ
チップ解説編
●基本情報 ● チップの使い方 ●特徴



5章 データのコンピュータ解析−データの標準化と解析ソフト(戸塚裕彦)
背景
実験データの正規化
●MAプロット ●総強度正規化(グローバル・ノーマライゼーション)●LOWESS正規化 ●大域的正規化と局所的正規化 ●その他の手法など ●異常値の扱いについて
発現に変動がある遺伝子の探索
●統計的検定 ●多重検定と偽陽性
クラスター解析
タイプ予測
ソフトウェアの紹介
●RとBioconductor ●TM4 ●その他のソフトウェアなど



6章 DNAチップ解析後の研究戦略(佐々木博己,青柳一彦)
背景
DNAチップ解析後の実験
●チップデータの確認 ●発現細胞や局在性の確認 ●RNAi による遺伝子機能のノックダウン ●遺伝子のノックイン ●in vitroin vivoの双方向性解析 ●ゲノム網羅的解析から診断用ミニチップによる多検体解析 ●アレイCGH解析の確認 ●ChIP-Chipデータの確認 ●メチル化検索アレイデータの確認



7章 チップを用いた機能解析研究−複製,転写調節研究への利用

本章のアウトライン(佐々木博己)

A)培養細胞系を用いた多検体迅速遺伝子機能解析技術への応用(落谷孝広)
背景
操作の概略
●Sabatiniらのトランスフェクテッド・セル・マイクロアレイ ●本間らのアテロコラーゲンによるセルトランスフェクションアレイ ●Sabatini vs 本間法(両者の技術的比較)
実験例

B)ゲノムタイリングチップによる染色体動態の解析(白髭克彦)
背景と操作の概略
実験例

C)クロマチン構造解析-転写複合体のゲノムマップ(高橋康彦)
背景
操作の概要
●原理 ●プロトコール:サンプル調製プロトコール
実験例



8章 カスタムメイド-DNAチップを活用しよう

本章のアウトライン(佐々木博己)

A)カスタムDNAチップ(注文してから使用するまでのノウハウ)(青柳一彦)
背景
カスタムDNAチップ作製までの手順
●カスタムDNAチップのシステムの選択 ●プローブの設定 ●コンピュータプログラムに合った遺伝子のアノテーションとチップ上での位置情報のファイル
カスタムDNAチップのいろいろ
●従来型のグラススライドタイプのDNAチップ ●マルチwellタイプのDNAチップ(「なんでもアレイ」12wellアレイ)●多孔質チップ(MetriGenix 4D Array SystemTM)●繊維型DNAチップ(ジェノパール)●総括コメント

B)最新DNAチップ ビーズチップ(小原賢信)
背景
操作の概要
実験例

C)最新DNAチップ TUM e-Array(天野雅彦)
背景
● ECAチップシステム ●SMMD法 ●プロトコール:操作の概要
実験例



9章 モデル生物,植物,家畜でのDNAチップの利用(佐々木博己)
背景
ヒト以外の生物でのDNAチップの状況
モデル生物 :マウス,ラット,アフリカツメガエル,ゼブラフィッシュ,ホヤ,線虫,出芽酵母,分裂酵母,大腸菌,ショウジョウバエ,カイコ
植  物  :シロイヌナズナ,イネ/ライス,ブドウ
家畜,ペット:イヌ(ビーグル犬),ブタ,ウシ,ウマ



10章 DNAチップの新たな活用術への挑戦(佐々木博己)
DNAチップを利用したさきがけ的研究
●発現解析 ●アレイCGH解析 ●遺伝子機能解析


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●ジーンフロンティア(株)
●シグマ アルドリッチ ジャパン(株)
●(株)数理システム
●タカラバイオ(株)
●(株)DNAチップ研究所/日立ソフトウェアエンジニアリング(株)
●ナルジェヌンクインターナショナル(株)
●ニップンテクノクラスタ(株)
●日本ガイシ
●フナコシ(株)
●三菱レイヨン(株)
(五十音順)
書評・感想
  • プロトコールが充実していて実験計画上、極めて参考になった。「マイクロアレイ データ統計解析プロトコール」(羊土社)も同じく重宝している。

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