タンパク質検索のためのデータベースの種類と特徴
| データベース名 | 登録件数［2005年5月］ | サイトの特徴 | URL |
|---|---|---|---|
| NCBInr | 256,735（human） | 最も広範囲をカバーしたデータベース．RefSeq, SwissProtも含む．冗長性が非常に高いのが問題． | ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db/FASTA/nr.gz |
| RefSeq | 1,310,800（total） | 塩基配列の冗長性を除いた遺伝子とコードするタンパク質についてのDB． | http://www.ncbi.nlm.nih.gov/RefSeq/index.html |
| IPI | 159,431（human），107,020（mouse），64,393（rat） | UniProt＋RefSeq＋Ensembl＋TAIR＋H-invDBで構成．Human/Rat/Mouse/Zebrafish/Arabidopsisのみ． | http://www.ebi.ac.uk/IPI/IPIhelp.html |
| UniProt | 1,870,027（total） | SwissProt＋TrEMBL＋PIR． | http://www.ebi.uniprot.org/index.shtml |
| UniProt-SwissProt | 12202（human），9227（mouse），180,652（total） | 登録者が目で確認している．アノテーションが充実． | http://us.expasy.org/sprot/ |
| UniProt-TrEMBL | 1,689,375（total） | EMBL核酸配列からコンピュータ予測されたタンパク質DB．SwissProtの補完DB． | http://us.expasy.org/sprot/ |
| PIR | 283,416（total） | 2004年12月にUniProtに統合． | http://pir.georgetown.edu/pirwww/search/textpsd.shtml |
