実験医学別冊 最強のステップUPシリーズ:空間オミクス解析スタートアップ実践ガイド〜最新機器の特徴と目的に合った選び方、データ解析と応用例を学び、シングルセル解析の一歩その先へ!
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実験医学別冊 最強のステップUPシリーズ

空間オミクス解析スタートアップ実践ガイド

最新機器の特徴と目的に合った選び方、データ解析と応用例を学び、シングルセル解析の一歩その先へ!

  • 鈴木 穣/編
  • 2022年12月05日発行
  • B5判
  • 244ページ
  • ISBN 978-4-7581-2261-0
  • 定価:8,580円(本体7,800円+税)
  • 在庫:あり
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本稿では,本書で詳解する一連の空間オミクス解析を,実験的手法,情報解析的手法の観点から俯瞰する.特に,どのような解析対象について,どのような解析手法が合致するのか,その選択戦略についても概説したい.利用可能な検体の質・量の制約から実際の解析はここで記載するようにもさらに複雑な制約が伴うと思われるが,あくまで一つの指標となればと思う.…

鹿島幸恵(東京大学大学院新領域創成科学研究科メディカル情報生命専攻),鈴木 穣(東京大学大学院新領域創成科学研究科メディカル情報生命専攻)

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シングルセル解析の弱点「位置情報の損失」を補う新技術は,実際どこまで使えるのか?! 次々に開発される機器のそれぞれの特徴とプロトコール,さらに応用例と今後の技術展望まで,最先端の情報を凝縮した1冊.

目次

序―配列からバイオロジーへ【鈴木 穣】

空間オミクス解析への期待【神原秀記】

“使う”時代がやってきた【菅野純夫】

概論 空間オミクス解析の技術レビューと機器・データ解析ツール選択ガイド【鹿島幸恵,鈴木 穣】

◆ 実践編

第1章 技術とプロトコール

1 空間トランスクリプトーム Visiumによる新鮮凍結/FFPE組織検体の解析【森 裕太郎,山本雄介,吉田康将,岡本康司】
2 空間トランスクリプトーム Visium のデータ解析ツール【永澤 慧,金井昭教,鈴木 穣】
3 空間トランスクリプトーム ロングリードシークエンスを用いたscRNA-seqおよびVisiumの全⻑cDNA解析【藤井元人,鈴木絢子,水野裕介,関 真秀,鈴木 穣】
4 空間トランスクリプトーム 深層学習を活用したVisium測定結果の超解像度化【門城 拓,小井土 大,鎌谷洋一郎】
5 空間トランスクリプトーム Xenium In Situ【大西雅也,鈴木 穣】
6 空間トランスクリプトーム HybISS(Hybridization-based in situ sequencing)【砂留一範,山本拓也】
7 空間トランスクリプトーム Stereo-Seq(STOmics)【金井昭教,鈴木 穣】
column ROI組織パンチングによる空間的遺伝子発現解析【松永浩子,細川正人,竹山春子】
column セミバルクRNA-seq【関 真秀,永澤 慧,鈴木絢子,鈴木 穣】
8 空間プロテオーム Hyperion Imaging Systemを用いた多重イメージングマスサイトメトリー【小亀敏明,平田勝啓,南 風花,椛島健治】
9 空間プロテオーム PhenoCyclerを用いた多重蛍光免疫染色【善光純子,永澤 慧,鈴木絢子,鈴木 穣】
10 空間プロテオーム(空間トランスクリプトームも可能) GeoMxを用いたがん組織のマルチタンパク質発現解析【谷口智憲】
11 空間メタボローム メタボロームと時空間オミクスの融合とイメージングマス【加藤美樹,菅谷麻希,大澤 毅】

第2章 データベース

12 バイオイメージングデータベースの現状と展望【京田耕司,大浪修一】
13 遺伝子発現データベースを活用した空間・発生解析【森 智弥,藤渕 航】

◆ 応用研究編

第1章 発展的空間オミクス解析

1 空間オミクス解析を補う1細胞トランスクリプトーム技術の最前線【二階堂 愛】
2 空間トランスクリプトームと1細胞トランスクリプトームの統合解析【飯田渓太,岡田眞里子】
3 空間トランスクリプトームに基づく細胞間相互作用ネットワークの解析技術【小嶋泰弘,島村徹平】
4 セルオミクスによる臓器・全身の空間コンテキスト解析【洲﨑悦生】
5 イメージングによるオミクス状態の推定【岡田康志】

第2章 活用例と展望

6 免疫研究と空間オミクス解析【鹿島幸恵,鈴木 穣】
7 空間トランスクリプトームを用いた感染症研究の芽生え【猪原史成,山本雅裕】
8 心臓血管疾患と空間オミクス解析【野村征太郎】
9 がん免疫研究におけるシングル細胞解析と空間解析への展開【鈴木利宙,中面哲也,関 真秀,鈴木 穣】
10 精神医学研究におけるゲノム解析と空間トランスクリプトームの現状【森 大輔,有岡祐子,久島 周,奥村啓樹,尾崎紀夫】

索引

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  • 【本書名】実験医学別冊 最強のステップUPシリーズ:空間オミクス解析スタートアップ実践ガイド〜最新機器の特徴と目的に合った選び方、データ解析と応用例を学び、シングルセル解析の一歩その先へ!
  • 【出版社名】羊土社

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