実験医学別冊:メタゲノムデータ解析 16Sも! ショットガンも! ロングリードも! 菌叢解析が得意になる凄技レシピ
実験医学別冊

メタゲノムデータ解析 16Sも! ショットガンも! ロングリードも! 菌叢解析が得意になる凄技レシピ

  • 坊農秀雅/編
  • 2021年11月30日発行
  • AB判
  • 237ページ
  • 付録:Annual Updateサービスの登録コード
  • ISBN 978-4-7581-2255-9
  • 定価:6,930円(本体6,300円+税)
  • 在庫:あり
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医学・生物学の研究や創薬などの産業応用に役立つメタゲノムデータの解析法を,料理のレシピ本のようにわかりやすく解説.共生菌も環境微生物も,菌叢の組成も機能も,PCひとつでbon appetit!

目次

序文

著者一覧

Annual Updateについて

Chapter1 メタゲノムデータ解析に必要なコンピュータリテラシー

(1)Anaconda仮想環境とDocker【坊農秀雅】

(2)データ解析インフラ【久保竜一】

Chapter2 細菌叢の組成を調べる ─16Sアンプリコン解析

(1)Short read

① QIIME 2【志波 優】
② VITCOMIC2,LEA【森 宙史】

(2)Long read

① GenomeSync + GSTK法【KRYUKOV, Kirill,中川 草,松尾禎之,廣田喜一,今西 規】
② NanoGalaxy【大石直哉】

[COLUMN]DIYメタゲノム解析【大石直哉】

Chapter3 細菌叢の機能にまでふみこむ ─ショットガン解析

(1)メタゲノムアセンブリと系統解析 PhyloPhlAn3 + GraPhlAn【上坂一馬】

(2)アノテーション DFAST【谷澤靖洋】

[COLUMN]マイクロバイオームヘルスケア,はじめないか【坪井千明】

Chapter4 解析したデータを共有・利用する

(1)国際塩基配列データベースへの登録 メタゲノムアセンブリ,DRA,DDBJ【大城戸利久,福田亜沙美】

(2)figshare,生命科学系データベースアーカイブを使ったデータ共有【横井 翔】

(3)横断的に検索できる微生物統合データベース MicrobeDB.jp【伊藤光平】

索引

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  • 【本書名】実験医学別冊:メタゲノムデータ解析 16Sも! ショットガンも! ロングリードも! 菌叢解析が得意になる凄技レシピ
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