実験医学別冊:改訂版RNA-Seqデータ解析 WETラボのための超鉄板レシピ〜ヒトから非モデル生物まで 公共データの活用も充実
実験医学別冊

改訂版RNA-Seqデータ解析 WETラボのための超鉄板レシピ

ヒトから非モデル生物まで 公共データの活用も充実

  • 坊農秀雅/編
  • 2023年09月28日発行
  • AB判
  • 302ページ
  • 付録:Annual Updateサービスの登録コード
  • ISBN 978-4-7581-2267-2
  • 5,500(本体5,000円+税)
  • 在庫:あり

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医学・生命科学の定番実験であるRNA-Seqのデータ解析を,料理レシピのようにわかりやすく学べる好評書の改訂.非モデル生物の解析や公共データの活用など,いまどきの研究ニーズに応えるレシピも強化.

目次

改訂の序(本書の改訂方針)

序(本書の編集方針)

著者一覧

Annual UpdateとWeb Supplementについて

Chapter1 まずはこれだけ! 解析環境を整える【坊農秀雅】

Chapter2 データを入手する

(1)RNA-Seqの注意点 〜外注時のリード数,小分子・長分子での違いなど【木本 舞,岡田 宰】

[COLUMN]RNA-Seq vs マイクロアレイ【石井善幸】

(2)公共データの利用 〜SRA からのデータ取得【坊農秀雅】

Chapter3 転写産物の発現を定量する

(1)リファレンスゲノムにマッピングする方法① 〜HISAT2 + StringTie【飯田渓太,粕川雄也】

(2)リファレンスゲノムにマッピングする方法② 〜STAR + RSEM【上樂明也】

(3)リファレンスゲノムにマッピングしない方法 〜salmon,kallisto,tximport【露﨑弘毅】

[COLUMN]RNA-Seq 定量にまつわるFAQ【露﨑弘毅】

(4)転写開始点を解析する方法 〜CAGE【森岡勝樹】

[COLUMN]各種ツールの実行時間比較【丹下正一朗】

Chapter4 リファレンスゲノムのない生物でde novo解析を行う 〜アセンブリからアノテーションまで【横井 翔】

[COLUMN]非モデル生物における機能アノテーション【野津 了,坊農秀雅】

Chapter5 発現変動遺伝子群を検出する【門田幸二】

Chapter6 サンプル間で発現変動した遺伝子群の機能を推定する 〜エンリッチメント解析【田村啓太】

[COLUMN]シングルセルクラスターの生物学的意義をGUI で解釈する 〜QIAGEN Ingenuity Pathways Analysis【執筆/Stuart Tugendreich,Jean-Noel Billaud,訳/國田竜太】

[COLUMN]アノテーション情報とID変換 〜Gene Ontology,BioMart,Spotfire【坊農秀雅】

Chapter7 サンプル間の類似度を比較する

(1)階層クラスタリング【横井 翔,坊農秀雅】

(2)主成分分析(PCA)【和泉隆誠,横井 翔】

[COLUMN]バルク解析とシングルセル解析【中山 淳,山本雄介】

Chapter8 公共データから興味あるデータを抽出,発現変動遺伝子群を検出する(メタ解析)

(1)ikra を使ったヒトやマウスのRNA-Seq データメタ解析【鈴木貴之,坊農秀雅】

(2)非モデル生物の生物種間比較によるトランスクリプトームのメタ解析【栂 浩平】

[COLUMN]ビブリオームを活用したマルチオミックス解析【小野擁子】

Chapter9 リードカウント以降の統合解析をウェブブラウザで行う 〜iDEP − ノーコードでRNA-Seq下流解析【安水良明】

[COLUMN]RNA-Seq でのリード数はどれぐらい?【坊農秀雅】

Chapter10 論文投稿に必須! データを登録・公開する 〜DRA,DDBJ,GEA【児玉悠一】

[COLUMN]解析結果を論文発表する際にはここに気をつけよう【坊農秀雅】

索引

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  • 【本書名】実験医学別冊:改訂版RNA-Seqデータ解析 WETラボのための超鉄板レシピ〜ヒトから非モデル生物まで 公共データの活用も充実
  • 【出版社名】羊土社

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第2地帯(オセアニア、中近東、北米、中米) +2360円
第2地帯(ヨーロッパ) +2600円
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