はじめに

本書の使い方

第0章 『生命科学データ解析をはじめる前に読む本』を読む前に

1 本書のねらい

2 学習の進め方

3 本書で一貫して大切にしてほしいこと

Part Ⅰ　Colabで体験するデータ解析の世界　とにかく真似して動かす

第1章 とりあえず体験してみよう

1 Colabに触れて基本的な使い方をマスターしよう

2 データの読み込みから仮説検定までをRで体験しよう

3 生命科学データ解析の航海に向けて

Column　なぜ生命科学データ解析でCSV/TSVが好まれExcel が使われないのか

Column　Colabのターミナルからプログラムを実行する

第2章 ファイルや文字列を扱う基本コマンドを覚えよう

1 Linuxの基本知識とコマンドの使い方を知ろう

2 ディレクトリやファイルを自在に扱えるようになろう

3 Linuxの機能とコマンドを組み合わせよう

第3章 「動かない！」を乗り越える問題解決術

1 エラーメッセージとの向き合い方を知ろう

2 エラーの解決策を探せるようになろう

第4章 生命科学データ解析を体験しよう

1 ヒトY染色体上のPAM配列を探せ！

2 coding領域にあるSNPを探せ！

Column　ゲノム情報の「住所」を正しく扱うために

第5章 面倒な作業を自動化させよう

1 一連のコマンドをまとめた解析レシピを作ろう

2 より柔軟なスクリプトのための要素を学ぼう

Column　生命科学データ解析に役立つ便利なその他の応用コマンド

Part Ⅱ　ローカル環境での実践　自分のデータで試してみる

第6章 自分のPCの環境を整えよう

1 ターミナルを準備して開発環境を整えよう

2 パスを通して自分のコマンドやツールを管理しよう

Column　とてもありがたいパッケージマネージャー

第7章 環境を誰かと共有しよう

1 Condaをインストールして仮想環境を構築しよう

2 仮想環境による解析環境を共有しよう

Column　conda install とpip install，混ぜるな危険？

第8章 他人が作ったプログラムを再利用しよう

1 VS Codeを導入して快適なローカル環境を整えよう

2 GitHubを使って他人のプログラムを再利用しよう

Column　AIとともにコードを書く時代のこれから

Part Ⅲ　未来への羅針盤　今後の研究に活かす

第9章 スパコン・計算サーバーへの接続

1 スパコン利用までの流れを知ろう

2 スパコンの使い方を身につけよう

Column　スパコンと仲良くなろう

第10章 そして次のステップへ：広がるデータ解析の世界

1 これまでの学習から広がるデータ解析の航海に出よう

2 さらに学習を深めるためのリソース

Column　生成AI が進歩した後も残り続ける人間の技術はなんだろう？

Column　生命科学データ解析は今後どうなっていくのだろう？

付録 Linuxコマンドの働きとUsage一覧表

おわりに

索引