メタゲノムデータ解析　16Sも!　ショットガンも!　ロングリードも!　菌叢解析が得意になる凄技レシピ

序文

著者一覧

Annual Updateについて

Chapter1　メタゲノムデータ解析に必要なコンピュータリテラシー

（1）Anaconda仮想環境とDocker【坊農秀雅】

（2）データ解析インフラ【久保竜一】

Chapter2　細菌叢の組成を調べる ─16Sアンプリコン解析

（1）Short read

① QIIME 2【志波 優】

② VITCOMIC2，LEA【森 宙史】

（2）Long read

① GenomeSync + GSTK法【KRYUKOV, Kirill，中川 草，松尾禎之，廣田喜一，今西 規】

② NanoGalaxy【大石直哉】

［COLUMN］DIYメタゲノム解析【大石直哉】

Chapter3　細菌叢の機能にまでふみこむ ─ショットガン解析

（1）メタゲノムアセンブリと系統解析 PhyloPhlAn3 + GraPhlAn【上坂一馬】

（2）アノテーション DFAST【谷澤靖洋】

［COLUMN］マイクロバイオームヘルスケア，はじめないか【坪井千明】

Chapter4　解析したデータを共有・利用する

（1）国際塩基配列データベースへの登録 メタゲノムアセンブリ，DRA，DDBJ【大城戸利久，福田亜沙美】

（2）figshare，生命科学系データベースアーカイブを使ったデータ共有【横井 翔】

（3）横断的に検索できる微生物統合データベース MicrobeDB.jp【伊藤光平】

索引