論文図表を読む作法PREMIUM

★はPREMIUM版で追加された項目

PREMIUM版出版の序【牛島俊和・中山敬一】

初版の序【牛島俊和・中山敬一】

第1章　色々な解析に使えるエッセンシャル【編集協力：島村徹平】

1　統計的仮説検定とp値【島村徹平】

2　多重比較と多重検定補正【島村徹平】

3　信頼区間【島村徹平】

4　t検定【林　周斗】

5　ANOVA【林　周斗】

6　棒グラフ【廣瀬遥香】

7　相関解析【廣瀬遥香】

8　線形回帰【小嶋泰弘】

9　カーブフィッティング【小嶋泰弘】

第2章　核酸解析【編集：牛島俊和】

1　バイオアナライザ・TapeStationとRIN値・DIN値【山下　聡】

2　アガロースゲル電気泳動【竹島秀幸】

★3　サザンブロット／ノーザンブロット【牛島俊和】

4　PCR／RT-PCR【竹内千尋】

5　定量的PCR【牛島俊和】

6　デジタルPCR【新城恵子】

7　バイサルファイトシークエンス【竹島秀幸】

8　G分染法【目黒牧子・堀家慎一】

9　DNA-FISH解析【目黒牧子・篠原晴香・堀家慎一】

10　間期核FISH解析【目黒牧子・堀家慎一】

★11　RNA-FISH【大畑裕聖・吉田奈央・小野寺早紀・斉藤典子】

12　Promoterアッセイ【服部奈緒子】

13　Gel Shiftアッセイ【服部奈緒子】

第3章　イメージング【編集協力：洲﨑悦生】

★1　位相差顕微鏡／微分干渉顕微鏡【谷口篤史】

★2　共焦点レーザー走査型顕微鏡【佐藤康彦】

3　免疫組織化学【臼井源紀】

4　蛍光染色【迫　洸佑】

★5　超多色染色【外山咲紀子・洲﨑悦生】

6　走査電子顕微鏡【秋元義弘・池原　譲】

7　透過電子顕微鏡【秋元義弘・池原　譲】

★8　CLEM【谷田以誠】

★9　二光子顕微鏡【大友康平・洲﨑悦生】

★10　ライトシート顕微鏡【吉川　亮・洲﨑悦生】

★11　全反射照明蛍光顕微鏡【吉村英哲】

★12　超解像顕微鏡法【堤　元佐】

★13　FRAP【松田知己】

第4章　細胞の形態や性質の解析【編集協力：金田篤志】

1　フローサイトメトリー【星居孝之】

★2　マスサイトメトリー（CyTOF）【森嶋達也・滝澤　仁】

★3　イメージングフローサイトメトリー【比嘉綱己】

★4　ゴーストサイトメトリー【比嘉綱己】

5　細胞周期【星居孝之】

★6　Fucci【星居孝之】

7　細胞増殖アッセイ【関　元昭】

8　Annexin Ⅴ assay／Sub-G1 assay【滝川雅大・大木理恵子】

9　TUNEL assay／Comet assay【滝川雅大・大木理恵子】

10　薬剤感受性試験【喜多和子】

11　細胞運動能アッセイ【関　元昭】

12　Oil Red O染色【稲垣　毅】

13　3D culture【丸　喜明】

14　造腫瘍性（同種・異種移植実験）【若林雄一・奥村和弘】

15　細胞老化【眞野恭伸】

第5章　タンパク質解析【編集：中山敬一】

1　ポリアクリルアミド電気泳動【見世慎太朗】

2　Western blot【溝尾太佑】

3　二次元電気泳動【中津海洋一】

4　FRET【白根道子】

5　タンパク質半減期測定【杉山成明】

6　ユビキチン化アッセイ【杉山成明】

7　オーキシンデグロン法【白石千瑳】

8　PROTAC【古賀大介】

9　Fluoppi【原田（本村）早麗】

10　BiFC／SplitGFP【白根道子】

11　インターラクトーム解析【松本雅記】

12　ELISA法【片山雄太】

13　IP／RIP【小玉　学】

★14　Yeast two-hybrid system【住本英樹】

15　カラムクロマトグラフィー【松本雅記】

16　ショットガンプロテオミクス【松本雅記】

17　ターゲットプロテオミクス【松本雅記】

★18　AlphaScreen【神平梨絵・中尾洋一】

★19　PEA（ハイマルチプレックスイムノアッセイ）【黒川文代・馬　潔韻・加藤　悠】

20　結晶構造解析【神田大輔】

21　クライオ単粒子解析【神田大輔】

22　NMR解析【神田大輔】

23　表面プラズモン共鳴法【弓本佳苗】

24　等温滴定型カロリメトリー【弓本佳苗】

25　Phos-tag【和田玲緒名】

26　インビトロヘリカーゼアッセイ【松本有樹修】

27　ショ糖密度勾配遠心法【市原知哉】

28　高速AFM【西山正章】

第6章　代謝解析【編集協力：尾池雄一】

1　リピドミクス【津川裕司・有田　誠】

2　細胞外フラックス解析【門松　毅】

3　高血糖クランプ／高インスリン正常血糖クランプ【川名洋平・片桐秀樹】

4　ブドウ糖負荷試験／インスリン負荷試験【川名洋平・片桐秀樹】

5　メタボローム解析／代謝フラックス解析【杉浦悠毅】

★6　イメージング質量分析【杉浦悠毅】

7　代謝ケージによるマウス代謝測定【宮田敬士】

8　寒冷刺激試験【清水逸平】

第7章　実験動物・遺伝子改変動物解析【編集：中山敬一】

1　CT【藤沼　駿】

2　MRI【藤沼　駿】

3　PET／SPECT【藤沼　駿】

4　光イメージング【岡　毅寛】

★5　（心）エコー【佐藤迪夫】

6　Cre/loxPシステム【比嘉綱己】

7　遺伝学的系統追跡【須賀原 修】

★8　組織透明化技術【洲﨑悦生】

9　電気生理学的手法【林（高木）朗子】

10　覚醒下脳イメージング【林（高木）朗子】

11　光遺伝学【林（高木）朗子】

★12　化学遺伝学【近藤邦生】

13　オープンフィールド試験【白石大智】

14　モリス水迷路試験【白石大智】

15　Three-Chamberテスト【片山雄太】

★16　ロータロッドテスト【片山雄太】

★17　プレパルス・インヒビションテスト【片山雄太】

第8章　シークエンサーなどを用いた網羅的配列解析とその応用【編集協力：兒島孝明】

・共通

1　マイクロアレイ【堀之内貴明】

★2　シークエンスデータ総論①（ショートリード：illumina）【兒島孝明・上坂一馬】

★3　シークエンスデータ総論②（ロングリード：Oxford Nanopore）【兒島孝明・上坂一馬】

★4　シークエンスデータ総論③（ロングリード：PacBio）【兒島孝明・上坂一馬】

5　Volcano plot【蟹江　慧・伊藤友哉】

6　Pairwise scatter plot【木村和恵・蟹江　慧】

7　Gene ontology解析【青木　航】

★8　Gene set enrichment 解析【青木　航】

9　階層的クラスタリング【堀之内貴明】

10　k-meansクラスター解析【堀之内貴明】

11　PCA【牛島俊和・兒島孝明】

12　メタジーン解析【兒島孝明】

13　モチーフ図【宮本義孝・中林一彦・兒島孝明】

14　STRING（ネットワーク解析）【上坂一馬】

15　KEGG pathway【上坂一馬】

16　ネットワーク解析【堀之内貴明】

★17　iModulon解析【堀之内貴明】

★18　Riverplot【宮本義孝】

★19　Multi-group dotplot/Clustered dotplot【中杤昌弘】

・変異とSNP（GWAS）

20　変異シグネチャー【牛島俊和】

21　Circos plot【上坂一馬】

22　Manhattan plot【中杤昌弘】

23　Regional plot【中杤昌弘】

24　ハプロタイプ【中杤昌弘】

25　Accumulation curve【兒島孝明】

・発現

★26　バルクRNA-seq【上坂一馬・兒島孝明】

27　MA plot（RNA-seq）【兒島孝明】

28　t-SNE／UMAP（シングルセルRNA-seq）【竹本悠人・蟹江　慧】

29　Trajectory 解析／Pseudotime解析【堀之内貴明】

30　RNA velocity解析【青木　航】

31　TCR/BCRレパトア解析【大東いずみ】

32　Ribo-seq【上坂一馬】

★33　空間トランスクリプトーム解析①（シークエンスベース：Visiumなど）【山本龍馬・小熊　陽・渡辺　亮】

★34　空間トランスクリプトーム解析②（イメージングベース：Xeniumなど）【小川花菜子・小熊　陽・渡辺　亮】

★35　空間エピゲノム解析【小熊　陽・渡辺　亮】

・エピゲノム解析

36　ChIP-seq【宮本義孝・中林一彦・牛島俊和】

37　ATAC-seq【宮本義孝・中林一彦】

★38　CUT&RUN/CUT&Tag【椙下紘貴】

39　Hi-C【宮本義孝・中林一彦】

第9章　マイクロバイオーム・メタゲノム解析【編集協力：長谷耕二】

1　16SリボソームRNA配列解析【山田恭央・長谷耕二】

2　ショットガン・メタゲノム解析【山田恭央・長谷耕二】

★3　細菌ゲノムアセンブリ【上坂一馬・兒島孝明】

4　注釈付き系統樹【山田恭央・長谷耕二】

5　α多様性解析【込山星河・長谷耕二】

6　β多様性解析【込山星河・長谷耕二】

第10章　臨床情報解析【編集協力：山本精一郎】

1　Kaplan-Meier法【水澤純基・山本精一郎】

2　ROC曲線【水澤純基・山本精一郎】

3　多変量解析【水澤純基・山本精一郎】

4　メタアナリシス/フォレストプロット【水澤純基・山本精一郎】

★5　ネットワークメタアナリシス【水澤純基・山本精一郎】

★6　スイマープロット【水澤純基・山本精一郎】

★7　ウォーターフォールプロット【水澤純基・山本精一郎】

★8　スパイダープロット【水澤純基・山本精一郎】

★9　家系図【中杤昌弘】

★10　バリアント表記法【中杤昌弘】

第11章　機械学習【編集協力：清水秀幸】

★1　機械学習（機械学習の分類・学習曲線）【伊東　巧・清水秀幸】

★2　機械学習（目的関数・評価指標）【伊東　巧・清水秀幸】

★3　アンサンブル学習【佐久間智也・清水秀幸】

★4　説明な可能AI【佐久間智也・清水秀幸】

★5　畳み込みニューラルネットワーク【佐久間智也・清水秀幸】

★6　転移学習【佐久間智也・清水秀幸】

★7　トランスフォーマー／アテンション機構【菱沼秀和・清水秀幸】

★8　セグメンテーション【菱沼秀和・清水秀幸】

★9　基盤モデル【菱沼秀和・清水秀幸】

★10　DNA，RNA，タンパク質の言語モデル【大谷悠喜・清水秀幸】

★11　AlphaFold【大谷悠喜・清水秀幸】

★12　GNN【大谷悠喜・清水秀幸】

★13　生成モデル【大谷悠喜・清水秀幸】

★14　AI創薬【清水秀幸】

★15　AIエージェントによる生命科学研究【清水秀幸】