特集1
プロテオーム研究を成功させる試料調製と解析法
マーカー探索／膜タンパク質の解析／翻訳後修飾の解析／相互作用解析
企画／小田吉哉（エ−ザイ株式会社シーズ研究所）

・＜概論＞戦略的プロテオミクスと膜タンパク質の分離
　　小田吉哉

遺伝子関連の実験ではバイオ研究者が自らさまざまな技術・道具を使っているのに対して，質量分析をバイオ研究者が使いこなす例は少なく，共同研究，依頼分析として行われる場合が多い．ここで共同研究の成否を左右する大きな要因は，共同研究者間の意志の疎通であり，特に現在のプロテオミクスでは何が可能で，何が困難なのか，何を目的として着地点はどこか，ということをお互いに理解しあっていることが重要である．しかしこれがなかなかうまくいかない．
本誌の読者の多くは自分で質量分析など使ったことがない人が多いと思われるので，どういう試料を作れば質量分析に適しているのか，現在のプロテオーム解析では何が期待できるのかといったことをこの特集にて紹介したい．

・血液試料の最適な調製法と解析
　　下重美紀，本田一文，山田哲司

近年の質量分析技術の進歩により，疾患の発症ならびに進行に伴う体液や組織，細胞でのタンパク質やペプチドの発現レベルの変動を高感度かつ網羅的に解析できるようになり，疾患の診断に応用する試みがなされている．（中略）本稿では大規模な血液プロテオーム解析において必要な血液検体の要件，血液検体の調製法，質量分析方法，得られたデータの処理などについて，その意義とともに紹介する．

・二次元電気泳動法と質量分析のための組織試料の調製法
　　近藤　格

試料のよい調製法をマスターすると二次元電気泳動法によるデータのレベルは確実に向上する．市販の機械，試薬，解析ソフトなどはよく作られていて，購入したものをそのまま使ってかなりのことができる．不満がある場合でも，電気泳動装置は質量分析装置に比べれば圧倒的に安価にオーダーメイド可能である．2D-DIGE法や質量分析装置の登場によって二次元電気泳動法の可能性は大きく広がった．

・細胞表面タンパク質の選択的大規模解析 〜細胞の表情を読み取る〜
　　泉　友則

細胞表面タンパク質は，細胞内外での物質輸送や情報伝達の中心的な役割を担う膜タンパク質である．細胞固有の機能や調節機構における受容体や接着分子の重要性を考えれば，まさに“細胞の顔”といえよう．しかしながら，“水に溶けない”，“量が少ない”など，非常に厄介な代物であり，たとえ高性能なプロテオーム解析技術を利用しても，その取扱の困難さは例外ではない．本稿では，細胞表面タンパク質を選択的かつ大規模に解析するためのストラテジーを紹介する．

・抗体アフィニティーカラムを用いた翻訳後修飾タンパク質の網羅的解析〜チロシンリン酸化とユビキチン化を中心に〜
　　松本雅記，中山敬一

タンパク質の翻訳後修飾はタンパク質の活性調節，細胞内局在の変化，安定性の制御などきわめて重要な役割を担っており，どのタンパク質が，いつ，どのような翻訳後修飾を受けているか知ることはタンパク質の機能を知るうえで重要な情報となる．微量で複雑なタンパク質混合物が一網打尽に同定できるようになった今，翻訳後修飾を受けたタンパク質を精製できれば網羅的に同定することも可能になってきた．本稿では翻訳後修飾タンパク質を網羅的に解析するための試料調製法として，抗体を用いたチロシンリン酸化やユビキチン化タンパク質の精製法を紹介したい．

・リン酸化部位やプロテアーゼ切断部位の解析
　　魏　范研，富澤一仁

最近質量分析技術（mass spectrometry）の発展とともに，これまで主に製薬の分野で用いられている質量分析装置が細胞生物学的な研究でもようやく使われ始め，シグナル伝達にかかわるタンパク質の同定や翻訳後修飾の解析に威力を発揮している．本稿では質量分析器を用いたタンパク質のリン酸化部位の解析およびプロテアーゼ切断部位の同定のための試料作りに焦点を当てて紹介する．

・アフィニティークロマトグラフィーにおける特異性の評価について
　　石濱　泰

アフィニティークロマトグラフィーと質量分析計による標的タンパク質の同定には，できるだけ非特異的な相互作用を抑制し，特異性を高めることが重要である．そのためには，試料溶液のアフィニティーカラムへのロード，溶出の過程だけではなく，安定同位体やネガティブリガンドを用いた対照実験の設定が威力を発揮する．