異なるDNA分子間で,相互の分子に含まれる同じDNA配列をもつ領域間で二本鎖が形成されることで分子間の再結合が起こることにより,もとのDNA分子の鎖が相互に置き換わった分子が形成される.本文中の遺伝子組換えウイルスは,ワクシニアウイルスのゲノムDNAとトランスファーベクター (特定の遺伝子を欠失させる,もしくは新たな遺伝子を挿入させる領域とその両端の相同性のある領域を含む) との相同組換えにより得られる.