AIFは通常はミトコンドリア内膜に結合し,膜間腔のNADHオキシダーゼとして機能すると考えられているが,PARPなどのアポトーシス誘導シグナルの下流で活性化されたプロテアーゼにより切断され,内膜から遊離される.ミトコンドリア外膜透過性の亢進に伴いミトコンドリアから放出されたAIFは核に移行し,核DNAの断片化を引き起こすことで細胞死を誘導する.