ゲノム配列の決定法として現在広く用いられている手法.染色体の端から端までを正確に切れ目無く1塩基単位で読みとるDNAシークエンサーは今のところ存在していない.そこで,長い染色体をランダムに超音波や水流の剪断力などの物理的な力で裁断し,短くなった大量のDNA断片に対してDNAシークエンサーを用いてその配列を決定する手法.