マイクロアレイ実験の結果を読み取る装置.プローブにハイブリダイズしたターゲット量を測定する.ターゲットは通常,蛍光色素(Cy3またはCy5)で標識されている.高感度で測定するため共焦点レーザー蛍光方式が使われていることが多い.検出部やスライドガラスが動いてスライドガラス全面の蛍光強度を読む.最低2種類の蛍光色素をスキャンできる必要がある.