真核生物は3種類のDNA依存RNAポリメラーゼ(Pol Ⅰ,Pol Ⅱ,Pol Ⅲ)を持つ.アラビドプシスゲノムが決定された際,さらに2つRNAポリメラーゼの存在が予想された.これらはPol Ⅳ(以前はPol Ⅳa),Pol Ⅴ(以前はPol Ⅳb)と呼ばれるPol Ⅱ様RNAポリメラーゼであり,RdDMへの関与が知られている.