多様な生物学的状況下においてともに挙動する遺伝子対は,機能のパートナーである可能性が高い.多くのサンプルに対する遺伝子発現プロファイルが似ている遺伝子(共発現遺伝子)は,近年,特に植物分野において,未知の遺伝子の機能同定や,特定の現象にかかわる新規遺伝子の探索に利用され,大きな成功を収めている.