マッピングツールはいずれも,高速性を実現するため,アラインメント領域を限定している.long seedアプローチは,30bp程度の長いseedを用いて,seed周辺領域についてのみペアワイズアラインメントを計算する.ここでseedとは,ギャップを含まない配列類似度の高い領域のことである.長いseedを用いることで計算が高速になる代わりに,マッピング感度が低下する.