ショットガン法

配列タグ法またはLC-MS/MS法とも呼ばれる．タンパク質試料をトリプシンなどで消化して調製したペプチド混合物をLC-MS/MS法で連続的に分析し，得られたペプチドの質量値と内部アミノ酸配列（配列タグ）情報からもとの試料に含まれるタンパク質を自動的に同定する方法．複雑な生体試料に含まれる1,000種類を越える大量のタンパク質を高速で同定できるほか，不溶性の膜タンパク質などにも適用できる利点がある．

参考書籍

• バイオテクノロジージャーナル 2005年9-10月号 Vol.5 No.5 特集「ES細胞を制御する最新テクニック」
• バイオテクノロジージャーナル 2005年1-2月号 Vol.5 No.1 特集「バイオ研究者のための“使える”システムバイオロジー」