ヒドロキシラジカル(・OH)を用いて,RNAの立体構造やRNAと結合タンパク質の相互作用を知る方法.例えば,酸化条件下で過酸化水素を作用させると鉄イオン〔Fe(Ⅱ)イオン〕からヒドロキシラジカルを発生させることができるが,発生したヒドロキシラジカルは周囲のRNAの鎖を切断する.逆転写により切断カ所および切断の程度を検出することが可能であり,それを解析することでRNAの構造やタンパク質の結合部分を知ることができる.