スキャッフォルド

長めのDNA断片の両端を読んで得られた2本のリードのペアを，ペアエンド（paired end）またはメイトペア（mate pair）とよぶ．アセンブリの結果，ペアとなる2本のリードが異なるコンティグに含まれた場合には，その2つのコンティグ間の相対的向きと距離が推定できる．DNA断片のサイズ分布がタイトであればあるほど距離の推定をより正確に行うことができる．このように，相対的向き・距離の推定値で結合されたコンティグの群をスキャッフォルドとよぶ．スーパーコンティグ（supercontig）とよばれることもある．

参考書籍

• 実験医学増刊 Vol.31 No.15 特集「ゲノム医学・生命科学研究 総集編」