頻度の高い疾患が遺伝因子と関連する場合,その遺伝因子は共通の祖先の変異に由来するだろうという仮説.その突然変異の起きた近傍のハプロタイプが連鎖不平衡により,家系が異なっていても患者集団に残っていることから病因座位を特定する.