特定のタンパク質をトリプシンなどのプロテアーゼで消化することによって得られる各ペプチドの質量の組合わせは,個々のタンパク質に固有のものであるため,この情報を利用して,データベース検索してタンパク質を同定する方法.通常は電気泳動によってタンパク質を分離後,1つずつ分析する.