表皮最外層である角層の主要な構成タンパク質で,ケラチン線維に直接結合し角層構造の安定化や物理的強度の維持に寄与する.また,その分解産物は角層上層で天然保湿因子として働き角層の水分保持に重要な役割を担う.フィラグリンは尋常性魚鱗癬という角化性皮膚疾患の原因遺伝子であるが,同遺伝子の機能喪失変異はアトピー性皮膚炎の主要な発症因子であるとともに,アトピー性皮膚炎を有する気管支喘息,アレルギー性鼻炎,食物アレルギー等のアレルギー疾患の発症にも関連することが報告されている.