インベーダー・オリゴがターゲットDNAとプローブ間の二重鎖に少なくとも1塩基の侵入(インベージョン)を起こして部分的な三重鎖構造を形成すると,構造特異的な5´-ヌクレアーゼがプローブの5´末端部分を切断する.目標とするSNP箇所の核酸配列に対応してインベージョンを発生させるインベーダー・オリゴを利用することで特定のSNPの塩基を同定し,SNPゲノタイプを判定することができる.