Protein Data Bankには,現在,36,000あまりのタンパク質立体構造のデータセット(エントリ)が登録されている.各エントリには,数字で始まる英数字4文字で表記されるコード(1a05など)がアサインされている.酵素タンパク質の立体構造エントリは,16,000あまりとなる.