具体的には,ある遺伝子のmRNA量が2試料間で全く同量であると仮定したときに,このmRNA由来のタグの数が実際のSuperSAGEで得られた数になる期待値を多数(100,000回)のシミュレーションから計算する.試料間のタグ数の差が有意であれば期待値は0に近くなり,反対に差がなければ期待値は1に近くなる.