一本鎖DNA上のシトシンはbisulfite(重亜硫酸ナトリウム)によりスルホン化,加水脱アミノ化反応し,引き続き脱スルホン化することでウラシル(U)に変換される.メチル化シトシンはメチル化シトシンのまま変換されない.そのためbisulfite処理したDNAを鋳型に用いてPCR増幅し塩基配列を読むと,メチル化シトシン部位はC,非メチル化シトシン部位はTとして区別して読まれる.