bisulfite処理後はメチル化されたDNAとメチル化されていないDNAとで処理前にCpG部位であったところの塩基配列が異なるようになる.このような部位を含むようにメチル化DNA配列に基づいたプライマー(M),非メチル化DNA配列に基づいたプライマー(U)をそれぞれ設定しPCRする.M,UそれぞれのPCR産物の有無によりメチル化状態を解析する.