微小領域内への分子の出入りによって引き起こされる蛍光強度揺らぎの自己相関から分子の拡散係数を解析する方法である.FCS法では,10μm2/秒以上の速い分子動態の解析が可能であるが,0.1μm2/秒程度以下の遅い動きを解析することは困難である.