threading法（fold recognition法，3D-1D法）

進化の過程でタンパク質の立体構造の骨格はよく保存される．また，進化的に独立なタンパク質の立体構造の折畳み方（fold）が，物理化学的安定性のために類似することもありうる．したがって，ある構造未知のタンパク質が与えられた時，それと類似する構造が既知構造データベース中に存在する可能性がある．threading法は，問題の配列を既知構造の上に仮定した時にその状態が物理化学的に好ましいかどうかを評価することによって，問題のタンパク質の類似構造を既知構造データベース中から検出する．