実験医学別冊:次世代シークエンス解析スタンダード〜NGSのポテンシャルを活かしきるWET&DRY
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実験医学別冊

次世代シークエンス解析スタンダード

NGSのポテンシャルを活かしきるWET&DRY

  • 二階堂 愛/編
  • 定価 5,500円+税
  • 2014年08月発行
  • B5判
  • 404ページ
  • ISBN 978-4-7581-0191-2
  • 販売状況: 注文可能
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エピゲノム研究はもとより,医療現場から非モデル生物,生物資源まで各分野の「NGSの現場」が詰まった1冊.コツや条件検討方法などWET実験のポイントが,データ解析の具体的なコマンド例が,わかる!

内容見本
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目次

Ⅰ 基礎編

1 NGSのアプリケーションと今後の展望【渡辺 亮/野宮 唯/北岡文美代/中村正裕】
2 NGSの試薬選択ガイド【渡辺 亮/田中 梓/北野優子/桑原順子】
3 現行機種の長所・短所とその選択【中村昇太】
4 NGS解析の要 品質管理の重要性と方法【樽井 寛】
5 NGSデータ解析に必要なコンピューティングの基礎【二階堂 愛】

Ⅱ プロトコール メディカル・クリニカルシークエンス

1 メンデル遺伝性疾患の原因遺伝子を解明する Exome-seq【鶴﨑美徳】
2 遺伝子診断 ターゲットキャプチャ【才津浩智】
3 アンプリコンシークエンスのためのプライマーを自在に設計する【熊井広哉】
4 がんゲノムから後天的変異を抽出する Genomon-exomeにおける方法論【白石友一/千葉健一/宮野 悟】
5 HLA遺伝子の完全配列を決定する【細道一善/井ノ上逸朗】
6 ヒトゲノム・オミックス情報をコホート研究に応用する【清水厚志/八谷剛史/田原康玄】

Ⅲ プロトコール エピゲノム

A ChIP-seq

1 ヒストン修飾や転写因子の結合領域を同定するコツやポイント【門田満隆/蓑田亜希子】
2 RとBioconductorでChIP-seq データを解析する【二階堂 愛】
3 高精度で結合領域を決定する GeF-seq【大島 拓/石川 周/Chumsakul Onuma/中村建介】

B DNAメチル化解析

1 バイサルファイト変換で全ゲノムDNAメチル化を定量する PBAT法【三浦史仁/伊藤隆司】
2 メチル化結合タンパク質でDNAメチル化領域を濃縮する MBD-seq法【團野宏樹/笹川洋平/二階堂 愛】
3 メチル化感受性制限酵素を利用しメチル化領域を検出する① HELPアッセイの基本と微量DNAメチル化解析を可能とするサンプル調製法【池田理恵子/阿部訓也】
4 メチル化感受性制限酵素を利用しメチル化領域を検出する② NGSを用いたHELP-taggingの実際【鈴木雅子/阿部訓也】

C クロマチンアクセシビリティ解析

1 クロマチン立体構造を評価する 3C, ChIA-PET【井上 剛/小林美佳/和田洋一郎】
  • A. 3Cアッセイ
  • B. ChIA-PET
2 オープンクロマチンを同定する FAIRE-seq【中村正裕/脇 裕典】

Ⅳ プロトコール トランスクリプトーム・転写制御

1 急速に普及するRNA-Seqで遺伝子発現をみる【鈴木絢子/鈴木 穣/菅野純夫】
2 1細胞から遺伝子発現を網羅的にみる Quartz-Seq【笹川洋平/二階堂 愛】
3 CAGE法で転写制御領域を解析する fastCAGE調製法【村田光義/大宮寛子/末木広美/石山美樹/長谷川 哲/Timo Lassmann/伊藤昌可】

Ⅴ プロトコール 環境・進化・生物資源

1 難読領域を含む微生物ゲノム完全長配列をde Novoに決定する PacBio RS Ⅱを用いたアセンブル【寺林靖宣/照屋邦子/佐藤万仁】
2 細菌種や組成を調べる メタ16Sとメタゲノム解析【須田 亙/大島健志朗/服部正平】
  • A. 菌叢DNAサンプル調製
  • B. メタ16S解析
  • C. メタゲノム解析
3 微生物コミュニティの遺伝子レパートリーを調べる メタゲノムデータ解析【八谷剛史】
4 ゲノム情報のない生物種の新規ゲノム配列を決定する【藤江 学/山崎慎一】
  • A. PCRフリーショットガンライブラリ作製法
  • B. メイトペアライブラリ作製法
5 非モデル生物の遺伝子発現をみる RNA-Seqとde novoゲノム【尾崎克久】
  • A. 充分な量のRNAを確保できる場合のRNA-Seq
  • B. RNAがごく微量である場合のRNA-Seq
  • C. de noveゲノムシークエンス
6 非モデル生物のSNPを探索する RAD-seq【柿岡 諒】
7 育種へ応用する MutMap【阿部 陽/高木宏樹/小杉俊一/夏目 俊/八重樫弘樹/吉田健太郎/寺内良平】

Ⅵ プロトコール データ解析と環境構築

1 解析環境を導入する スパコンの利用【小笠原 理】
2 LPMを用いて解析環境を構築する【笠原雅弘】
3 Galaxyを用いてグラフィカルに解析する 解析パイプラインによるChIP-seqとCAGEデータの利用【下地 寿/川路英哉】
4 DDBJ Read Annotation Pipeline 解析パイプラインによるRNA-Seq de novo assemblyとイネ多型解析【長崎英樹/望月孝子/谷沢靖洋/神沼英里/中村保一】
5 変異を解析する グラフィカルなインターフェイスを使って【宮本真理】
6 ゲノムブラウザを用いて可視化する① UTGB Toolkitによる可視化【斉藤太郎】
7 ゲノムブラウザを用いて可視化する② GenomeJackによる可視化【石川元一/野原祥夫/谷嶋成樹】
8 NGSデータを公共データベースへ登録する【児玉悠一/真島 淳/高木利久/中村保一】

『Ⅴ プロトコール 環境・進化・生物資源 』より抜粋

次世代シークエンス解析スタンダード 立ち読み1 次世代シークエンス解析スタンダード 立ち読み2 次世代シークエンス解析スタンダード 立ち読み3 次世代シークエンス解析スタンダード 立ち読み4

−後略−

書評・感想
  • 現場のニーズに完全に合致した超優良書。詳細な実験プロトコールから、トラブル対応のTips、データ解析結果の解釈でつまずかないよう着目すべきポイントまで、丁寧に書かれている。サイクルの早いNGS解析分野でも長期間手元で活躍する良書である。(門田幸二 [東京大学・大学院農学生命科学研究科])

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