実験医学別冊:誰でも再現できるNGS「前」サンプル調製プロトコール〜生物種別DNA、RNA、クロマチン、シングルセル調製の極意
実験医学別冊

誰でも再現できるNGS「前」サンプル調製プロトコール

生物種別DNA、RNA、クロマチン、シングルセル調製の極意

  • 鹿島 誠,伊藤 佑,尾崎 遼/編
  • 2024年07月02日発行
  • B5判
  • 441ページ
  • ISBN 978-4-7581-2272-6
  • 定価:7,700円(本体7,000円+税)
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次世代シークエンサー(next generation sequencer:NGS)は現代の生命科学においてなくてはならないツールになっている.しかし,分子実験から情報解析まで多岐にわたる知識と技能が必要とされるため,未経験の参入には大きな障壁があることも事実である.…

鹿島 誠1),小俣和輝2),加藤尚志3)(東邦大学理学部生物分子科学科1),早稲田大学先進理工学研究科生命理工学専攻2),早稲田大学先進理工学研究科生命理工学専攻/早稲田大学教育・総合科学学術院3)

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実験で「綺麗なデータ」が得られるかはサンプル調製が鍵になる!次世代シークエンサーへの利用を筆頭に,多様な実験系への応用が可能な「極意」を各種生物研究のプロから学ぶ一冊!

目次

■序【鹿島 誠】

■執筆者一覧

第1章 NGS解析の全体像

1 RNA-Seq概論【鹿島 誠】

2 DNAシークエンス技術の進化と現在地【河野暢明】

3 エピジェネティクスとエピゲノム【伊藤 佑】

4 シングルセル解析【安水良明】

5 水圏における環境DNA分析【潮 雅之,辻 冴月】

第2章 実験をはじめる前に検討すること

1 NGSを使った研究のはじめ方【鹿島 誠,小俣和輝,加藤尚志】
  どこまで相談するか?

2 NGSデータ解析の共同研究や相談の際のTips【尾崎 遼】

3 メタゲノム解析をはじめる前に【東 光一,黒川真臣,森 宙史】

4 シングルセル・トランスクリプトーム解析【芳村美佳,二階堂 愛】
  バイオインフォ技術員から見た共同研究の進めかた

5 最先端シークエンサーのWet実験で知っておくべきこと【藤江 学】

第3章 DNA調製プロトコール

1 バクテリア【河野暢明】
  バクテリアからの一般的なゲノムDNA調製

2 酵母【阿部文快】
  スフェロプラスト化による高純度DNAの抽出

3 マウス【山口新平】
  組織からのDNA抽出法

4 ゼブラフィッシュ【貞光謙一郎,鹿島 誠,平田晋三】

5 ショウジョウバエ【布施直之】
  成虫と幼虫からのDNA抽出

6 線虫【菊地泰生】

7 プラナリア【熊谷信是,鹿島 誠】
  長鎖ゲノム抽出法

8 アリ【岩井碩慶,河野暢明】
  節足動物を対象としたDNA調製

9 シロイヌナズナ【伊藤 佑】

10 イネ【千装公樹,本田爽太郎,安達俊輔】
   ショートリードシークエンスのためのDNA抽出

11 コムギ【岡田萌子】

12 ヒメツリガネゴケ【友井拓実】

13 根圏微生物相【下野綾子】
   根からのDNA抽出

14 水圏の環境DNA【潮 雅之,辻 冴月】
   分析のための採水・濾過・DNA抽出

第4章 ChIP用調製プロトコール

1 植物組織①【稲垣宗一】
  簡便・高効率なクロマチン抽出を行えるeChIP法

2 植物組織②【池田陽子,植村美代子,森 泉】
  ChIP-Seqとその応用編(カキ)

第5章 RNA調製プロトコール

1 酵母【阿部文快】
  ホットフェノール法によるtotalRNAの抽出

2 マウス【武智真里奈,山口新平】
  組織からのRNA抽出法

3 ゼブラフィッシュ【氏部浩太,鹿島 誠,平田晋三】

4 ツメガエル大腿骨【伊東正剛,小俣和輝,鹿島 誠,加藤尚志】

5 ツメガエル血球【小俣和輝,塩川雅貴,加藤尚志】
  採血と遺伝子抽出

6 カエル臓器全般【井川 武,林 舜,小俣和輝,越智陽城,小川斐女,鈴木 誠,鈴木菜花,加藤尚志,荻野 肇】

7 ショウジョウバエ【布施直之】

8 線虫【菊地泰生】

9 ニワトリ胚【小野沙桃実,河西 通】

10 刺胞動物【小林千余子】

11 マツノザイセンチュウ【田中 克】
   簡便なRNA抽出法

12 シロイヌナズナ【爲重才覚】
   茎頂からのRNA抽出

13 イネ【橋田庸一】
   デンプンの多いサンプル

14 ヒメツリガネゴケ【友井拓実】

15 オオムギ【井藤 純,辻 寛之】

16 樹木葉・枝【萩原幹花,栗田悠子】

17 コンニャク【橋田庸一】
   水溶性多糖類の多いサンプル

18 piRNA【山田紘実,岩崎由香】
   配列解析にむけた精製

19 イネ生殖組織のsmallRNA【小宮怜奈】

    RNA-IPを用いたsmallRNAトランスクリプトーム

第6章 シングルセル調製プロトコール

1 マウス脳【武智真里奈,山口新平】
  シングルセル解析のための細胞回収

2 植物核抽出【石 東博】
  セルソーターによるシングル核解析に適した抽出

3 ゼブラフィッシュ【田崎純一,劉 舒捷】
  シングルセル解析に向けた胚の分散

4 メダカリンパ球【岩波礼将,坂口ひより】
  セルソーティングによる調製

■NGS解析受託サービス一覧

■索引

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  • 【本書名】実験医学別冊:誰でも再現できるNGS「前」サンプル調製プロトコール〜生物種別DNA、RNA、クロマチン、シングルセル調製の極意
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