同一の配列を認識する異なる制限酵素あるいはその組み合わせ.全く同じ切断の特性を示す組み合わせもあれば,DNAのメチル化によって異なる切断特性を示すものもある。例えばHpaIIとMspIは同一の配列(5′-C^CGG-3′:^は切断箇所)を認識して切断するが,前者はシトシン残基がメチル化された場合に切断活性が阻害されるのに対して,後者はメチル化の影響を受けない.