出力値が状態に応じた確率分布によって決まるマルコフモデル(マルコフモデル:事前の状態だけによって次の状態が確率的に決まるモデル).観測可能な値が,観測できない「隠れ」ている状態から出力される,というイメージをもつ.このモデルにおいては,ある仮定のもとで,観測出力値だけから隠れている「状態」を推定することができる.CNVの区域決定においては,例えば,出力値としてプローブのシグナル強度,状態として,プローブがCNV内にある/ないという2つの状態,を当てはめることができる.ある仮定のもとで,観測シグナル強度からそのプローブがCNV内にあるかどうかを推定できる.