体内および体表に細菌,ウイルス,寄生虫等の微生物がまったく存在しない無菌動物(哺乳類や魚類などの母親から帝王切開あるいは子宮切断によって無菌操作下で作出・保育された動物)に既知の微生物(単一種や複数種で構成された微生物叢)を投与,定着化させることによって作成された動物をいう.
特定の微生物が生体に与える影響を調べる際に,ノトバイオート動物が用いられることが多い.