収束電子ビームをスキャンして結像するため,TEMよりも厚い試料の観察が可能.観察できる試料厚は加速電圧300 kVのTEMで~300 nm程度であるが,同じ300 kVのSTEMでは厚さ5~6μmに達する.なおμmレベルの切片厚は,超高圧TEMでなければ観察できなかった.