真核生物の細胞では多くの場合poly Aテイルの短縮からmRNA分解が開始される.デアデニレーションによりpoly A結合タンパク質が取り外されると,DCP1A-DCP2によりmRNAのキャップ構造が取り外され,P-bodyでRNaseであるXRN1によりmRNAが分解される.microRNAによる分解に重要なArgonaute 2(AGO2)やZc3h12aのようにmRNAを直接切断するエンドヌクレアーゼも存在する.