Isoschizomerは同じ配列を認識する制限酵素のことで,同じ形の切断端を作る.IsoschizomerであるMspⅠ,HpaⅡともC/CGG配列を認識し,同じ部位を切断する.Neoschizomerは同じ配列を認識するものの,異なる部位を切断し,違う形態の断端を形成する制限酵素である.NeoschizomerのXmaⅠはC/CCGGGのように切断し,SmaⅠはCCC/GGGのように切断する.