転写因子や修飾ヒストン抗体を用いてクロマチン免疫沈降を行い,結合ゲノムフラグメントを高速シークエンサーで読み取り,ゲノム上にその頻度をマッピングする技術である.従来のタイリングアレイを用いるChIP-on-chipに比べ,全ゲノム網羅性や転写因子の性質であるGC richやリピート配列に対する解析能で利点がある.