高度に凝縮した転写活性の低いクロマチン領域をヘテロクロマチンとよぶ.そのうち,発生段階,細胞の種類を問わず常にその状態にあるものを構成的ヘテロクロマチンとよび,セントロメアやテロメアなどがこれにあたる.これに対し,発生段階や組織分化に応じてヘテロクロマチン化する領域を条件的ヘテロクロマチンとよび,典型的な例は哺乳類のメスの体細胞の不活性X染色体である.