単離ミトコンドリアに対して,プロテナーゼK処理を行うことによって,あるタンパク質がミトコンドリアの内部に存在することを証明する生化学的実験手法である.ミトコンドリアの外側にあるタンパク質は分解されるが,ミトコンドリアの二重膜に守られた内側にあるタンパク質は分解を免れるため,ミトコンドリア内部にあるタンパク質を,プロテナーゼK処理後のタンパク質に対してウエスタンブロットを行うことによって確認できる.