反応の構造的基盤となるのは,mRNAの転写を行うRNAポリメラーゼⅡの最大サブユニットのC末端領域(CTD)である.転写後修飾因子はCTDに結合し,転写直後のpre-mRNAを常に監視することで,効率的に自身の結合配列を認識している.