次世代シークエンサーともよばれる.これまでのサンガー法によるシークエンスと異なり,一度に大量の塩基配列解読が可能である.初期的には1リードあたり25 b程度が限度であったが,最近は数 kbまでシークエンス可能なタイプも出てきている.また,コストダウンも急速に進み,ヒトゲノムを1,000ドル以下で解読できる機種も出た.