1つのユビキチンのC末端グリシン残基(G76)と,もう1つのユビキチンの7種類のリジン残基(K6, K11, K27, K29, K33, K48, K63)のいずれかのε-アミノ基との間のイソペプチド結合により形成される.その結合部位の違いにより機能が異なると考えられている.