SNPの多型は通常2種類のアレルがある.したがって,常染色体上のSNPの遺伝子型は2種類のホモ接合体(AAまたはBB)と1種類のヘテロ接合体(AB)の3つの可能性がある.また,男性の性染色体の場合,遺伝子型は2種類のホモ接合体(AまたはB)となる.SNPタイピングを行う目的は各検体の遺伝子型の判定と,複数の検体によるアレル頻度を得ることである.