酵母で開発された手法で,RNAiを用いた機能的な遺伝子のスクリーニングにおいて,セレクション後の陽性クローンの濃縮度を解析する方法に応用されている.細胞から回収したライブラリーのshRNA部分をPCRで増幅し蛍光標識して,個々のshRNAをコードするDNAとハイブリダイズしたものを,マイクロアレイの手法を用いて定量化する.その結果,各々のshRNAベクターがどの程度濃縮しているかを判断することができる.