BLAST

代表的な相同性検索プログラム．まず7〜11塩基程度の短い完全マッチを探し，それを頼りに左右にアライメントを伸長していく．7〜11塩基の完全マッチが存在しない場合や，siRNAの末端近くにミスマッチがある場合に見落としが生じる．

参考書籍

• バイオテクノロジージャーナル 2006年1-2月号 Vol.6 No.1 特集「これで上手くいく！ RNAi実験のTips」