遺伝子を構成するエキソン間の順列組合せが変わる過程.100〜200アミノ酸残基からなる典型的なタンパク質機能ドメインの場合,1つのエキソンのコードする20〜50アミノ酸残基程度のペプチドモジュールが複数集まって機能ドメインが形成されている.ゲノムにエキソン-イントロン構造を有する真核生物の進において,ゲノム上にあるさまざまなペプチドモジュール単位をコードするエキソンの順列組合せがエキソン・シャッフリングによって変わることで新しい機能をもったタンパク質の遺伝子が効率的に生まれてきたと考えられている.