ヒストンH3のバリアント.哺乳類ではH2A,H2B,H3バリアントが多数報告されている.H3.1は細胞周期依存的にS期につくられ,取り込まれる.H3.3は細胞周期非依存的にヌクレオソームに取り込まれ,転写活性化領域やテロメア,プロモーター,セントロメアなどに多く存在する.ヒストンバリアントによりヌクレオソームの安定性の違いが報告されており,転写活性化の調節にかかわっている可能性がある.